托马斯·安德森表面上是个朝九晚五的电脑工程师,私下却是个高超的骇客-电脑骇客尼奥(Neo),他一直过着平常的生活,直到和神秘人物莫菲斯(Morpheus)、崔妮蒂(Trinity)等联系,一切都变得不同。莫菲斯等人把他带到真实的世界,令尼奥明白到他所认识的世界是计算机程序所创造的虚拟世界。它只是矩阵(matrix)中的机械世界的机械,为培养人类作为能量来源所创造的,程序模拟1999年的人类世界(现实世界其实已踏入2199年左右),矩阵透过内建的各种程序,借由和人体大脑神经联结的连接器,使视觉、听觉、嗅觉、味觉、触觉、心理(六根)等讯号传递到人类大脑时都仿佛是真实的,甚至在“死亡”时真身也会因为逼真的感受而死。创造这个趋近真实的梦境世界,目的在欺骗被机器囚禁的人类,令他们以为自己是真正的“活着”并能繁衍下去,而死后的人体则被拿来提取能源以继续供应矩阵。莫菲斯等人是较早被解放而得以脱离矩阵的一群。他信奉在矩阵中可预知未来的先知(Oracle),先知曾指莫菲斯将在有生之年找到救世主,而前代救世主死前,她也曾经预言他会再次来到人间拯救所有被机器所囚的人类。莫菲斯于是拼命寻找救世主。当联络到尼奥后,他预感尼奥就是转世的救世主(尼奥其实是第六代救世主)。但尼奥却对此身份有所怀疑。 来到真实世界后,尼奥通过与莫菲斯的计算机程序训练,发现只要有信念,能坚定的相信在计算机程序中的一切都不是真的,进入到矩阵中即可将各种模拟真实世界的物理现象如万有引力、摩擦力等扭曲、甚至破坏。在矩阵中可做出各种违背物理定律的事,例如:一拳把人打飞至十多米远、跳跃至半空停留七、八秒才落地等。 尼奥经过一番训练后,和莫菲斯等人再次透过连接器进入矩阵拜访先知,他们返回真实世界的途中,矩阵派出多个以史密斯(Agent Smith)为首的特工程序追杀。特工程序虽有人类的外表却不是真正人类,而是极善于扭曲矩阵中的物理现象、专门用来追捕目标的程序,并非人类所能匹敌的。而矩阵虽然是虚拟世界,但除非你已能纯熟界定自己是处于虚拟之中而不被其所惑,否则在当中被杀的人类于真实世界中亦难逃一死。莫菲斯知道尼奥还不相信这一切是虚拟的,为了保护尼奥而落入了特工程序之手。 尼奥等人发现原来他们一行人中的塞弗(Cypher)出卖了他们的情报予特工程序,导致莫菲斯被捕。塞弗回到真实世界后,将仍在矩阵的队友逐一杀死,但在准备杀死尼奥时,被另一队友坦克(Tank)所杀。坦克之后成功唤回尼奥和崔妮蒂,但莫菲斯却因无法唤回而持续和矩阵连线中。 为了唤回莫菲斯,尼奥等人商议后,决定和崔妮蒂再次连线进入矩阵。经过激烈的搏斗之后,他们终于成功救出莫菲斯。虽然莫菲斯和崔妮蒂成功回到真实世界,尼奥却在矩阵中被特工程序击毙呈现弥留状态,此时真实世界中的崔妮蒂紧依著尼奥和他对话并深深的吻了他,感受到真实世界的深情之后尼奥仿佛顿悟一般地复活了!复活后的尼奥对自己“救世主”的身份已无丝毫怀疑,明白到自己可以重写矩阵内程序的能力。他马上入侵了其中一个特工程序——史密斯,令史密斯烟消云散,消失得无影无踪。其他的特工程序吓得落荒而逃。 之后的故事在黑客帝国2:重装上阵中继续发展。
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